大多数湖泊中的水，都是由河水和地下水注入的。河水和地下水在流动过程中，不断地溶解岩石和土壤中的盐分，当它们流入湖泊时，便把溶解的盐分也带到了湖中。 河湖相通的外流湖，水流畅通，湖水中所含盐分不会太高。相反，内陆湖湖水只有入口而没有出口，河水注入湖泊后，湖水不断蒸发，盐分不断积累，久而久之，湖水便越来越咸了。也有部分咸水湖，地质年代里是海洋的一部分，后来海水退却了，在现今的湖泊洼地里保留了一部分海水，所以，现在湖水里仍然保留较多的盐分。